O jogo começa em uma cidade futurista situada em um sistema solar de três planetas chamado Algol, onde orbitam Palma (o planeta verde, ponto inicial do jogo), Motávia (o planeta amarelo, de clima desértico e capital do Governo de Algol) e Dezoris (o planeta branco, coberto de gelo e neve). Algol é governado pelo Rei Lassic, que depois se torna um ditador cruel após a conversão para uma nova religião. Após uma série de mudanças políticas, surgiram várias rebeliões. Quando Nero, o líder de uma rebelião é morto por um grupo de soldados de Lassic, sua irmã Alis jura vingança. Quando ela viaja e testemunha muitas vítimas da opressão de Lassic, o objetivo Alis se torna menos sobre a vingança e mais sobre a libertação do povo de Algol. Depois (durante o jogo) Alis se une à Myau, um gato falante; Odin, um membro da rebelião de Nero, mas transformado em pedra pela medusa, e o mago Noah. Agora seu objetivo é derrotar Lassic.
Phantasy Star (Brazil)
